王琦书院由王琦院士亲自创立,于2021年在北京中医药大学成立,旨在搭建高层次中医药学术传承平台,促进院校教育和师承教育深度融合,培养新时代中医药传承创新发展领军人才。王琦书院以“发经典之奥义、融现代之新知、汇百家之言论、畅自由之思想”为办学宗旨,书院邀请了135位两院院士、国医大师、国学大师担任名家讲坛专家,承担对国家级名中医、岐黄学者、省级名中医、海外名中医的培养教学任务,是国家中医药管理局中医药特色人才培养工作(岐黄工程)重要人才培养基地。2025年3月22日,王琦书院云南分院作为第11家分院在云南中医药大学揭牌成立,作为云南省中医药领军人才的培养基地,自成立以来承担云南省卫生健康委中医药(民族医药)尖端人才的培养工作。
