王琦书院由王琦院士亲自创立，于2021年在北京中医药大学成立，旨在搭建高层次中医药学术传承平台，促进院校教育和师承教育深度融合，培养新时代中医药传承创新发展领军人才。王琦书院以“发经典之奥义、融现代之新知、汇百家之言论、畅自由之思想”为办学宗旨，书院邀请了135位两院院士、国医大师、国学大师担任名家讲坛专家，承担对国家级名中医、岐黄学者、省级名中医、海外名中医的培养教学任务，是国家中医药管理局中医药特色人才培养工作（岐黄工程）重要人才培养基地。2025年3月22日，王琦书院云南分院作为第11家分院在云南中医药大学揭牌成立，作为云南省中医药领军人才的培养基地，自成立以来承担云南省卫生健康委中医药（民族医药）尖端人才的培养工作。
